Вопрос о постановке краеведческой работы и создании музея в Ненецком автономном округе впервые был поднят и серьезно обсуждался на заседании Президиума окрисполкома в конце 1929 года. В это время происходило становление органов власти молодой автономии, вырабатывались приоритеты социально-экономического и культурного развития округа. Потребовалось пять лет, чтобы решить все организационные вопросы, собрать начальную коллекцию экспонатов. Они были показаны на первой выставке, организованной будущим музеем к трехлетию Ненецкого национального округа в 1933 году. И лишь 6 сентября 1934 года музей был открыт и принял первых посетителей.
В постановлении окрисполкома значилось, что «в условиях мало изученного Ненецкого округа краеведческая работа имеет особо важное, общественно-научное значение и практический интерес». Здесь же подчеркивалось, что «составной частью этой работы должна явиться организация местного музея, к которой необходимо приступить в ближайшее время».
Как сообщили «Двине-Информ» в дирекции музея, в настоящее время коллекции музея насчитывают свыше 37 тысяч единиц хранения. Наиболее ценной в собрании является коллекция ненецкой этнографии, отражающая материальную и духовную культуру коренных жителей европейских тундр конца XIX -XX веков.
Коллекция живописи представлена работами А.А. Борисова, И.К. (Тыко) Вылки, Д.К. Свешникова, П. Явтысого, Н.В. Валейской, М.А. Ледковой. В собрании представлены графические работы Рябоконя, А. Рыбачук и В. Мельничеснко, Ю. Яворика. Гордость художественной коллекции музея составляют иконы нижнепечорских церквей XVIII-XIX веков.
Музей располагает хорошей коллекцией местных горных пород (агаты, аметисты, флюориты и т.д.), большим количеством чучел животных, птиц и рыб. Интересны палеонтологические экспонаты, среди которых череп мамонта, кости трогонтериевого слона, отпечатки древних растений.
Документальный и фотофонд музея включает архивы Тыко Вылки, А.П. Пырерки, М.Р. Голубковой, И.П. Выучейского, А.Д. Евсюгина, Рочева П.А. и др. Фонд редкой книги содержит рукописные и старопечатные сборники, старообрядческую литературу XVIII-XIX вв., древние «Четьи Минеи» 1601 года.
Наиболее ценные (уникальные) коллекции: Этнографическая коллекция ненцев Канинской, Тиманской, Малоземельской и Большеземельской тундр, Собрание иконописи печорских церквей XVII — XIX вв., Коллекция редкой книги, в которую входят рукописные и старопечатные сборники XVIII — сер. XX вв..
В музее сформирована уникальная научная библиотека, которая по праву считается лучшей в регионе. Она содержит наиболее полное собрание книг об истории, традиционной культуре народов, населяющих европейские тундры.
Как отметили в дирекции музея, ежегодно с целью комплектования музейных собраний организуются экспедиции в населенные пункты округа
Сегодня в музее проводятся экскурсии на тему «Животный и растительный мир Ненецкого округа» и «Ненецкая этнография».
Здесь работает лекторий, кинозал, Школа юного краеведа, Университет пожилого человека. Реализуется проект «Русский музей: виртуальный филиал»
В год этот музей посещает в среднем около 14 000 человек.
