Федеральное государственное учреждение «Морская администрация порта Архангельск» было зарегистрировано 4 мая 1994 года в постперестроечный период. Тогда «Северное морское пароходство» из государственного учреждения превратилось в акционерное общество и возникла необходимость в надзирающем органе или портнадзоре, представляющем государство в регионе. С этой целью и была создана «Морская администрация порта Архангельск». Согласно постановлению Совета Министров – Правительства России от 17.12.1993 № 1299 была определена основная функция администрации: оказание услуг морскому и речному транспорту по обеспечению безопасности мореплавания.
В марте 2005 года «Морская администрация порта Архангельск» была переименована в «Администрацию морского порта Архангельск».
По словам ее руководителя Николая Гуринова, на сегодняшний день, в связи с начавшейся реорганизацией морского порта Архангельск, функции администрации морского порта разделились. Сама администрация согласно 225 «Закону о внесении изменений в отдельные законодательные акты РФ» отвечает за обеспечение работы службы капитана морского порта в портах РФ. Это, в первую очередь, обеспечение материальными и кадровыми ресурсами. А служба капитана морского порта теперь выполняет функции по обеспечению безопасности мореплавания, обеспечению порядка и безопасности в порту, планированию членов экипажей морских и речных судов, обеспечению экологической безопасности в акватории порта и не только.
«Администрацию морского порта Архангельск» - это структура, которая сейчас временно сохранена до того момента как в Мурманске будет создана единая администрация морских портов Западной Арктики. Как предполагается, в течение 2014 года администрация морского порта Архангельск будет ликвидирована, а здесь будет создана служба капитана морского порта — выносное подразделение администрации морских портов Западной Арктики», — сообщил корреспонденту «Двины-Информ» Николай Гуринов.
В честь сегодняшнего юбилея в организации пройдёт торжественное собрание, на котором прозвучат поздравления и слова благодарности. Лучшим работникам будут вручены почётные грамоты.
На данный момент в администрации морского порта Архангельск трудится 105 человек, в том числе в службе капитана морского порта Архангельск, в службе капитана морского порта Варандей и в службе капитана морского порта Онега, который разделён на два морских терминала — Соловки и Беломорск.