20 февраля 1884 года «в селе Койнасском Койнасского прихода» была открыта церковно-приходская школа. Занятия в школе начались сразу же, в феврале, но помещения, книг, учебных пособий не было. Изначально школа помещалась в квартире помощника настоятеля Койнасского прихода Федора Смирнова.
С января 1885 года школа располагалась в квартире крестьянина. Образование получали 23 человека (18 мальчиков и пять девочек). Из классных принадлежностей имелись четыре парты, один шкаф для хранения книг, один стол и стул для учителя, одна доска для письма мелом, 12 аспидных (грифельных) досок, две чернильницы и одна линейка. Священник Федор Смирнов исполнял обязанности учителя и законоучителя школы. Предметы, которые преподавал священник — закон божий, чтение, письмо, арифметика и церковное пение.
Наиболее грамотным и культурным человеком в то далекое время был учитель Алексей Боголепов, работавший в школе с 1890 по 1901 год. Тогда же в Койнасе была открыта второклассная школа с учительским классом, выпускавшая кандидатов для замещения вакантных учительских должностей в школах грамоты и дьячков.
Декретом Советского Правительства в 1924 году в Койнасе была открыта начальная школа с четырьмя классами при 26 учащихся. В 1925 году число учащихся возрастает до 64-х. Школьного здания не было, и до 1928 года школа размещалась в частных домах. В 1928 году здание Койнасского волисполкома передается школе, и до 1975 года в нем шло обучение детей. В 1975 году школа переселяется в новое здание.
В 1928 году в Койнасе открывается семилетняя школа (ШКМ — школа крестьянской молодёжи). В первом наборе 7 класса учились дети не только из Койнаса, но и из других деревень, даже из Вожгоры.
В 1957 году был проведен первый выпуск 10-го класса в количестве 24-х человек. Доильницын Вячеслав Александрович и Мартынов Владимир Михайлович за отличную учебу и примерное поведение получили в награду серебряные медали. Все юноши и девушки этого выпуска овладели различными специальностями и много лет трудились на благо Родины.
Летом 1983 года был проведен большой ремонт школы и интерната, достроил прачечную и мастерские для занятий по труду. Началось строительство физкультурного комплекса.
Сейчас Койнасская средняя общеобразовательная школа — опорная школа по экологическому воспитанию в Лешуконском районе.
«Школа — это второй дом, — отметила директор образовательного учреждения Елена Селиванова в своем публичном докладе. — Мы стараемся, чтобы наш дом был привлекательным и уютным, где были бы созданы все условия для получения достойного образования и воспитания обучающихся в соответствии с требованиями современного времени. Наш педагогический коллектив — это союз творческих личностей, реализующих современные образовательные технологии, что позволяет получать глубокие прочные знания. Результаты работы школы свидетельствуют о том, что здесь трудятся достойные люди, профессионалы своего дела».
