28 апреля 2013 года Пеунков был обоснованно задержан по подозрению в совершении тяжких преступлений.
29 апреля 2013 органом следствия ему предъявлено обвинение. Пеунков создал и возглавил организованное преступное сообщество с целью монополизации рынка сбыта строительного песка на территории Архангельской области, противоправного устранения конкуренции в данной сфере, путем совершения тяжких и особо тяжких преступлений для незаконного обогащения, сообщили в пресс-службе регионального следкома. «Он, используя свой статус должностного лица — представителя власти — депутата областного Собрания депутатов, угрожал потерпевшим, в том числе преследованиями со стороны органов власти и местного самоуправления», — сообщили в ведомстве.
Суд, учитывая характер совершенных Пеунковым преступлений, а также и то, что Пеунков находясь на свободе, может скрыться от следствия и суда, как лично, так и через третьих лиц, оказать давление на потерпевших, обоснованно не усмотрел оснований для избрания других более мягких мер пресечения.