Начало образования места дислокации военно-морских сил в Беломорье началось в июле 1940 года, когда нарком ВМФ СССР Николай Кузнецов подписал приказ о формировании военно-морской базы в городе Молотовске (ныне Северодвинск Архангельской области). В ее состав были включены части и учреждения Северного флота, дислоцированные в Белом море.
Свое название база получила 20 августа 1940 года название. Перед ней была поставлена задача обороны заложенного в 1938 году крупного судостроительного и судоремонтного центра в Молотовске, промышленного лесоэкспортного порта в Архангельске, портов на Белом море.
С началом Великой Отечественной войны в связи с тем, что сил, базировавшихся в Кольском заливе, было недостаточно для защиты побережья северных морей, в августе 1941 года Беломорская военно-морская база была переформирована в Беломорскую военную флотилию. Защита северных морских коммуникаций, обеспечение морских перевозок и безопасности прохода советских и союзных кораблей и судов, обороны заводов, городов и баз — задачи, с которыми успешно справлялась Беломорская военная флотилия.
За годы войны в зоне ответственности флотилии прошло более двух тысяч единиц транспорта в конвоях, не считая свыше полутора тысяч одиночных, в том числе 670 союзных судов. За этот период потеряно всего 15 единиц транспорта, что составляет 0,3% по отношению к общему количеству кораблей. В ходе морских перевозок было доставлено около 900 тысяч тонн грузов (90% от перевозок народнохозяйственных грузов), 90 тысяч человек.
В героической летописи Великой Отечественной морякам-беломорцам принадлежит достойное место. За образцовое выполнение заданий командования свыше четырех тысяч краснофлотцев, старшин и офицеров были награждены боевыми орденами и медалями, два корабля-тральщика — ТЩ-110 и ТЩ-32, 12-я отдельная бригада морской пехоты были награждены орденами Боевого Красного Знамени.
Вся история Беломорской военно-морской базы — это преемственность многовековых традиций, это биографии людей: офицеров, мичманов, матросов, гражданского персонала, связавших свои судьбы с Военно-морским флотом на севере России. Беломорская военно-морская база крепчайшими узами сотрудничества переплетена с Северным машиностроительным предприятием и «Звездочкой». Начиная с огненных сороковых, моряки-беломорцы рука об руку идут с тружениками этих градообразующих предприятий.
