Согласно проекту комплекс будет включать административные, научные, фондовые и экспозиционные помещения. Здание музея имеет три этажа, включая цокольный, на котором предполагается разместить фондовые коллекции, реставрационные мастерские, архив, библиотеку, фотостудию.
Первый этаж предназначен для работы с гостями архипелага. Здесь будет располагаться экскурсионное бюро, гардероб, сувенирные киоски и экспозиционный зал.Экспозиция также появится на втором этаже. Новые выставочные залы посвятят истории и архитектуре Соловецкого монастыря, Соловецким островам в годы Великой Отечественной войны, а также природе Белого моря и Соловецкого архипелага.
В комплекс войдет парковка для служебного транспорта и экскурсионных автобусов, зона озеленения. В настоящий момент решается вопрос обустройства пандусов и лифтов для людей с ограниченными возможностями.
Заказчик работ по проектированию экспозиционно-административного здания Соловецкого музея-заповедника — Министерство культуры в лице Северо-Западной дирекции по строительству, реконструкции и реставрации.