Первоначально подразделение именовалось третьим отделением и состояло из шести человек. Затем было создано одно из самых элитных подразделений отечественной спецслужбы — отдел КРО.
В 1926 году третье отделение переименовывают во 2-е, а в последующем, в связи с расширением стоящих перед ним задач, оно преобразуется во 2-й отдел.
Из особых операций, произведённых в годы Второй мировой войны — это розыск и ликвидация немецких диверсионных групп в Коношском и Няндомском районах в 1942 году. Во время операции было уничтожено 4 диверсанта, 9 человек захвачены живыми.
Однако наибольший профессионализм сотрудники 2 отдела в годы войны продемонстрировали в процессе сковывания разведывательной активности специальных служб Великобритании и США.
Оперативные работники выявили 76 английских и 31 американского разведчиков, использовавших официальные должности сотрудников военных миссий и членов экипажей судов.
В период войн и послевоенные годы чекистами были разысканы и арестованы более 200 агентов немецкой разведки, изменников Родины и других крупных государственных преступников. Только в период с 1946 по 1952 года задержаны 126 государственных преступников, проживающих на территории нашей области.
В настоящее время наряду с решением задач по противодействию спецслужбам иностранных государств, контрразведывательный отдел организует работу по линии компьютерной и информационной безопасности.
