Охраной занимаются 32 государственных инспектора. Они несут ответственность за соблюдение режима Парка, включая охрану животного мира, рыбных ресурсов, лесов, памятников истории и культуры. На них также возложена работа с посетителями Парка, с туристами. Кроме того, работают две оперативные группы инспекторов, основная задача которых — выявление и предупреждение экологических правонарушений, главным образом, связанных с браконьерством. Ежегодно для сотрудников службы охраны Парка проводятся курсы повышения квалификации, в т. ч. с привлечением экспертов из других организаций. В 2011 году четыре госинспектора Парка прошли обучение в «Школе госинспекторов» на базе Алтайского заповедника.
За прошедший год госинспектора Кенозерского национального парка выявили 119 нарушений режима заповедной территории. Возбуждено 2 административных дела о незаконной охоте, 67 — о незаконном рыболовстве, 1 — о несогласованном строительстве, 31 — о незаконном движении и стоянке механизированных транспортных средств, 3 — о загрязнении природных комплексов, 11 — о нарушении правил пожарной безопасности, 3 — о несогласованном устройстве турстоянок, 1 — о незаконных археологических изысканиях и раскопках. Выдано 67 предписаний об устранении нарушений, в том числе 57 предписаний по доочистке лесосек при отпуске древесины на корню, 7 — по загрязнению населённых пунктов, 1 — по несогласованному строительству, 2 — по обеспечению требований пожарной безопасности. По постановлениям должностных лиц Парка 53 нарушителя режима привлечены к административной ответственности в соответствии со статьей 8.39 КоАП РФ.
По 67 делам продолжаются административные расследования с целью выявления нарушителей режима национального парка. В 7 случаях, ввиду малозначительности нарушений, граждане были освобождены от административной ответственности в соответствии со ст. 2.9 КоАП, были вынесены постановления об устных замечаниях.
В течении года изъято 245 ед. орудий незаконного природопользования, в т. ч. 200 сетей общей протяжённостью более 10,5 км, 38 мерёж, 6 петель, 1 ед. гладкоствольного оружия.
Из многолетней динамики очевидно, что по некоторым видам нарушений — порубка леса, охота, показатели стабильны и невысоки, что объясняется таким «сдерживающим» фактором, как применение практически во всех случаях жёстких мер к нарушителям, вплоть до привлечения к уголовной ответственности. Более массовым нарушением является незаконное рыболовство с применением промысловых орудий. На территории Парка законодательно запрещён промысловый лов рыбы, однако для местного населения допускается использование промысловых орудий лова с целью сохранения традиционной историко-культурной среды, быта, промыслов и ремёсел.
За последние годы количество случаев выявления фактов рыболовного браконьерства выросло почти в три раза. Также увеличилось среднее количество незаконных орудий лова на одно изъятие. Выявление нарушителей по данному виду составляет около 60% от общего числа дел. Также значительно увеличилось количество фактов привлечения к ответственности за незаконный проезд и стоянку механизированных транспортных средств — автомобилей, моторных лодок, снегоходов. Это говорит о массовости посещения Парка автотуристами, привозящими с собой снегоходы, катера и т. д. Вероятно, именно этот вид нарушения будет преобладающим и в будущем.
Предупреждение и борьба с лесными пожарами — одна из важнейших задач Парка. Аномально жаркие летние сезоны, высокий туристический поток, разветвленная сеть турстоянок, наличие на территории Кенозерья значительного количества деревень и памятников деревянной архитектуры — все это является потенциальной угрозой возникновения пожарной ситуации на заповедной территории.
Безусловно, нельзя не отметить важнейшую роль местного населения. Зачастую именно они — первые помощники службы охраны территории. Роль жителей Кенозерья в предупреждении и выявлении многих правонарушений сложно переоценить — это их земля, и ответственное отношение к ней — залог будущего благополучия.